对于税务机关重新评估税额的权力，也应有相应的程序限制。少数国家要求事先通知纳税人。例如，奥地利要求如果税务机关重新确定税额与纳税人申报有实质性差异，必须事先通知纳税人以便于纳税人能够有所准备和应对。芬兰要求确定或重新确定应纳税额前必须告知纳税人，并给予纳税人陈述申辩的机会。法国也要求通知纳税人并给纳税人应对的机会。德国则要求税务机关如有重新评估的意向，就得给纳税人听证的机会，并随后给予纳税人一份解释性的评税通知。[49]至于重新评税的时效期间，一般是3－5年；如果因纳税人错误提交信息或是有税收欺诈的故意，则时限会比一般情况下延长；对于税收欺诈，美国、加拿大、澳大利亚、新西兰、爱尔兰、挪威等国家则规定没有时间限制。[50]
    税务机关和纳税人之间最容易产生争议的一个领域是，当税务机关认为纳税人纳税申报的资料不正确或者不充分时，税务机关应该以什么为根据来确定纳税人的税收债务。大多数国家要求纳税义务的确定必须建立在某种合理的基础之上。尽管税务机关需要应对大量的不合作的纳税人，但这并非税务机关马虎行事的理由。正是这种状况下，尤其需要税务机关遵循正当程序以保证税制的可信度和纳税人的普遍遵从。各国一般规定纳税人对税务机关有关税额确定的处分决定有反对的机会、陈述申辩的权利，并可以寻求行政救济和司法救济。税务机关则有义务告知纳税人税额确定的相关程序，并告知该程序中纳税人享有的权利和救济方式，以保证纳税人在税额确定中得到正当程序的保障。[51]
    4．审计和调查程序中纳税人的权利
    对纳税人进行审计和调查，是保证现代税制，尤其是以自我申报纳税为中心的税制的健康运行不可缺少的保障。各国税制中税务机关审计和调查权力的行使很少有明确具体的法律上的授权，大多数国家的税务机关是根据一种广泛的概括的税务行政管理权力行使审计和调查权力。但是，最近这些广泛的权力受到了普遍的审查和质疑，纳税人隐私权和机密权的保护使得税务机关的审计和调查权力开始受到正当程序的限制。
    大多数国家并没有确立一个实施审计的正式评价标准，而由税务机关裁量决定。但是，美国是根据一种特殊的选择机制对纳税人的申报表进行选择审计；法国则有一个地方财政局局长授权的评估计划；德国必须提前向被审计的纳税人发出一个书面通知，通知中说明拟审计的事项。[52]在审计开始前，纳税人一般有获得通知的权利以及获悉相关信息的权利。有些国家如德国，要求税务机关在决定拟对某纳税人审计之后，必须正式通知该纳税人。税务机关的通知应包括审计的原因，审计的时间、地点，审计涉及的税种、纳税年度，以及审计查阅的文件、账簿和其他资料。税务机关还应告知纳税人审计的程序将如何进行。纳税人如果具备正当理由，有权请求延期审计。纳税人在审计中有权与其律师或者其他代理人联系，并由其代理人与税务机关接洽和办理审计事宜。税务机关应该制定明确的审计规程，规范指导其审计程序的运行，明确纳税人在审计中的权利和义务、税务机关的和解惯例以及对税务机关根据审计确定的应纳税额提出反对并申诉的途径。对于纳税人请求对所有审计谈话进行笔录的权利，税务机关应该允许其行使。以上所有这些信息，税务机关应该在审计开始时提供并告知纳税人，以便于纳税人权利的行使。[53]
    纳税人在审计和调查中一般负有合作的义务，包括提供审计所需要的账簿资料，如实陈述相关事实，回答税务机关的调查询问，在税务机关进行现场审计的场合还应为税务机关提供必要的审计条件。但是，与此相联系的是，税务机关有义务尽量避免对纳税人正常的生产经营造成不必要的干扰，并防止因审计行为直接给纳税人造成经营上的损失。例如，大部分国家要求审计需在纳税人正常营业时间进行，并限制在一定的时间段，以避免给纳税人造成不必要的负担。