部门间财政分配关系，是指政府内部财政部门与其他部门之间财政性资金的分配关系。其实质是物质利益分配关系，是财政性资金分配与使用权力在各部门之间的划分。
在发达市场经济国家，财政性资金都是由财政部门统一管理，主要通过规范的税收形式筹集收入，必要的行政事业性收费也依法纳入财政预算管理，并保证预算的公开性和透明性；支出方面则实行严格的政府采购制度和经费管理制度。而就我国现状而言，财政性资金分配权分散于各部门手中，特别是行政事业性收费脱离财政监督，由各部门自收自支。这种“弱干强枝”的财力分配格局弱化了财政宏观调控能力，甚至出现对经济运行的逆向调控，严重制约着国民经济稳定发展。
一、财政部门与政府职能部门关系
不同时期财政部门与其它部门的关系有所不同。计划经济条件下，政府以指令性计划手段直接安排和控制整个社会的资源配置过程。为保证计划的贯彻实施，就要建立庞大的组织管理机构，实行部门管理与地区管理相结合的方式，即中央——部——企业或中央——地方——企业。因此，在中央政府机构组成上，除宏观调控部门外，各行业科学家设置了专业管理部门。地方各级政府也设置了相应机构，以行政手段执行计划。此时，计委制订国民经济计划，财政负责执行，为大规模经济建设提供财力保证。但并无真正的资金管理权，只是计划部门的出纳。
市场经济条件下，政府的活动范围相对缩小。市场的本性要求资源的非政府配置，所以在市场经济条件下，政府活动只能局限于市场失灵领域。相应的财政部门在全社会资源配置中的地位也下降了，但在政府内部的地位却上升了，它不再只是计划的执行者，而要成为宏观经济调控主体和政府机构正常运转的资金供应者。它不仅要为政府各部门提供行政经费，还要为社会公共服务筹措资金。同时，财政的决策过程和收支安排等无不是由政府机构来决定和完成的，因而财政职能的发挥受政府机构内部各部门的制约影响，并因此造成一定的职能偏差或失效。由于缺乏有效的预算及盈利约束，以及衡量公共事业成果与效率的可靠标准，对自己使命的重要性笃信不疑的政府官员往往不顾效率地从事并极力扩展自己的使命。而且受到社会经济活动的复杂性及信息不对称等客观因素的限制，政府的决策与管理会像私人部门一样具有一定的盲目性和随意性。这也就是政府失灵。我国的政府失灵更为明显：改革开放以来，随着放权让利，各级政府部门具有强烈的部门利益冲动，谋取本部门乃至个人利益最大化。而我国的预算编制和管理既带有强烈的随意性，又往往只是即定利益格局的有限增量调整，在部门利益倒逼下，财政过度参与经济投资，不仅影响了财政职能的正常发挥，还造成了部门、地区产业结构趋同化。
二、对部门间财政分配关系的分析
部门间财政分配关系实质上是一种物质利益分配关系。物质利益是一切社会活动的最终目的，政治权力不过是用来实现经济利益的手段。物质利益带有主体性，任何物质需要都隶属于特定的主体。国家有其自身利益，部门也有其自身利益。国家利益是以集中的形式对社会全体成员的物质利益的客观反映，它有保持社会公正，保证实现社会契约，提供地区间居民正常生活和生产环境，维护社会治安，提高国民文化素质和生活质量等反映全体社会成员物质利益的职能。政府各部门是国家利益实现的传导机制，用以更好地完成国家职能，维护国家利益。其中，财政部门代表了国家的总体利益，而其它部门又分别代表了部分的国家利益。然而，一旦政府各部门作为行为主体，就会使其既具有代表国家利益的一面，也具有代表其自身利益的一面，带有双重性。在这些物质利益主体之间的矛盾中，起着决定作用的是物质利益规律。由于各主体追求利益最大化，并通过一定行为方式表现出来，因而在利益实现过程中又注入了主观作用于客观的因素，且特定的社会地位也会成为各主体实现利益的手段。要实现国家利益，就要赋予各部门以权力。而这些权力在一定意义上就成为谋取其自身利益的手段。因而物质利益之争就演化成权力之争。如果允许各部门在履行管理或服务职责时，将收取的各项费用与本部门收入状况、个人利益直接发生某种联系，那么就会助长各部门谋取更多的收费项目和数量的冲动，甚至变无偿服务为有偿服务，其后果必将导致政府管理方式、管理行为扭曲。
我国目前正处于体制转轨时期，由于缺乏法制规范和宏观调节，各部门追求自身利益的行为使得不同部门收入差距迅速拉开。部门间收入的非均衡分布既降低了公共财力分配使用的整体效率，又有失公正与公平，而且这种差距效应会进一步激发低收入部门的“创收”冲动。在政府机构过于庞大，人员臃肿，而政府难以提供足够财力支持的情况下，当利益驱动使愈演愈烈的部门行业不正之风很难有效遏制时，都可能影响到政府作出果断选择的决心。由此不难看出，对于市场经济条件下部门自身利益的有效控制，是实现政府职能转变，确立正确的管理方式，行为方式的基本前提。
要实现对部门自身利益的有效控制，首要的是明确利益分配权力。根据产权经济学基本观点，财产权可分为所有权、占有权、使用权和处置权。与此相类似，财政性资金分配权力，也可进一步划分为所有权、使用权和管理权。其中，所有权归国家，因为财政性资金是凭借国家授权参与国民收入分配且受国家法律的保障。财政性资金使用权应归政府各部门，以履行政府职能。而管理权只能归属于财政部门，因为国家不可能直接行使其所有权，只能委托财政部门代理，形成一种委托——代理关系。只有明确财政性资金的分配权力，才能从根本上改变目前财政性资金谁收取，谁所有，谁享用的状况。
三、对改变部门间财政分配状况的政策建议
（一）完善政府收入分配机制，清理整顿行政事业性收费
目前存在的收费膨胀，秩序混乱，已经引起上上下下各方面的注意。造成此问题的根本原因在于部门间财政分配关系不合理：一方面，政府职能扩大及财政困境，使各部门不得不进行多渠道筹资；另一方面，拮据的财政事实上对部门采取了“不给钱，给政策”的无奈之举，失去了对部门经费来源的控制权。各部门利用手中权力或垄断地位巧立名目，扩大收费范围，提高收费标准。因此，治本之策就是理顺部门间财政分配关系。而清理整顿各项收费又是进一步理顺财政分配关系的首要措施。这一问题必须结合政府机构改革和政企分开来解决，具体来说，需要做以下几方面工作：
其一，压缩行政性收费。1998年底的党政机关与所办经济实本脱钩的政策，可以很好地解决政企不分的难题，使那些依靠向企业收管理费的部门（主要是专业经济管理部门）失去经费来源。这时再通过政府机构改革将这些部门裁撤或转变为自律性行业组织，不再赋予其行政职能，这将大大减少行政性收费；
其二，清理事业性收费。随着市场经济的发展，国家不再包揽一切事业，呈现事业投资多元化，收费主体多样化，收费形式市场化，事业发展商业化态势。因此，要对事业体制进行改革，对能够自负盈亏的事业单位，如中介机构、科研院所、中高等院校等，也要推向市场。这些事业单位收取的事业性收费也要转为经营性收费或市场价格；
其三，规范收费管理体制。对体现政府职能和公共需求和管理型、公共型的政府性收费，要依法严格审批并纳入预算管理，及时上缴中央或地方金库。使用时由主管部门提出计划，财政部门按规定拨付。收支在预算上单独编制反映，按规定专款专用。用款单位定期向财政部门编报收支决算。通过清理整顿行政事业性收费，逐步建立起以税收为主，辅之以必要的收费的政府收入体系。
（二）改革支出预算分配形式，由单纯货币形式向货币、实物、劳务多种形式转换
支出预算分配是财政部门在政府各类职能需要之间分拨和供给财政资源的过程，是部门间财政分配关系的中心环节。财政部门对财政性资金的管理不仅表现为资金分配过程的管理，还表现为资金使用过程的监督管理。这种全过程管理不仅有助于优化支出结构，提高财政资金的使用效率，而且还可以加强财政监督，从源头上抑制财政支出使用过程中的各种腐败现象。然而，我国现行支出预算分配形式是单纯的货币分配，即把财政资源全部以货币形式直接分配给各部门，由各部门自行组织购买各项物品和劳务的分配形式。这种形式与计划经济下价值分配从属于实物分配的情况相适应，但在市场经济下，这种分配形式既不利于利用市场机制提高支出效益，也增加了支出控制的难度。因此必须加以改革：
首先，对人员工资经费支出，要改变单一的现金划拨和划转给预算单位的办法，尽可能利用社会中介机构，采取多种社会化支拨办法，以利于强化支出控制机制。
其次，对公务费支出和公共服务支出，应逐步建立政府采购制度，加以统一规范管理，这里应该注意，政府采购制度不是简单的利益调整。各职能部门仍然是采购主体，对所需商品和劳务进行采购，财政部门只是加强对财政性资金由价值形态向实物形态转变过程的监督管理，以改变目前财政支出实物形态管理基本失控的状况。
（三）加强法制建设，用法律法规来规范政府行为
市场经济中政府作为利益主体，也有自身利益，也存在着追求自身利益最大化的动机。如果没有健全完善的法律约束，政府行为会对社会经济发展造成很大的负效应，或称政府失灵。这种情况在正处于转轨时期的中国表现尤为突出。为此，应加强行政立法，要尽快制订有关规范政府行为的法律法规，修订现有各种法规，明确政府各部门及各级政府的职责权限；制定科学详细的执行标准，并制定严厉的违法惩罚措施。此外，还要完善财政监督体系，对政府收支进行全过程监督。健全的财政监督体系应包括人大监督、财政监督和审计监督，人大、财政部门、审计部门分工明确，协调互补，构成对财政性资金的完整的审查监督体系。
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