与中国不同的是，虽然日本国宪法明确规定：“日本国缔结的条约及已确立的国际法规范，必须诚实遵守之”。（第98条）但在国内法秩序中，日本却将宪法至于优先的地位，即所谓的“宪法优先论”。他们认为，条约虽然是国际法的主要渊源，但在缔结条约时，全权代表是由内阁任命的，内阁的这种权限又受到“外务公务员法”、“内阁法”更进一步说是受“宪法”制约的。内阁批准条约的权限、国会承认条约的权限、天皇认证条约的权限，都是基于宪法而生产的。因此可以说，条约来源于宪法。再说，宪法的修订，必须经过众参两院全体议员2/3以上的赞成，并经国民承认（国民半数以上赞同）才可进行。（参见宪法第96条）而缔结条约时的国会承认，只要众参两院各有1/3以上议员出席，半数以上议员赞同即可。这样轻而易举就可得到承认的条约，其效力自然不能与必须经过慎重修正程序的宪法相比。此所谓“一元论”中的“国内法优先说”。
其次，日本认为，国际法只是国家的义务，如果国家违反了国际法，就承担国际不法行为和国际责任。但国际法不能直接约束个人，国家只有依据国际法（国际条约）的内容，制定个人应承担义务的法律，才能在国内实施，这就是国际法规范的国内化。如果没有这种国内化程序，国际法只是在国际社会层面对国家课以义务，而在国内社会层面，依然是与国际法无关系的国内法对个人课以义务。例如，根据《新日美安保条约》及《新美军地位协定》，凡日本政府同意美军使用的区域，若属国有地，美军则可以直接使用，若属私有地，则美军不能直接使用。这就是说，日本政府只是从国际法上承认了美军使用这一区域的权利，但从国内法上，并没有对该土地的所有者课以允许美军使用这块土地的义务。只有在日本国会为此专门制定了《特别措施法》以后，这个问题才顺利解决。从这个意义上说，日本坚持的是“二元论”，国内法在国内有效，国际法在国际社会有效。
当然，日本也不是绝对坚持“一元论”中的“国内法优先说”。在一定的条件下，他们也承认“一元论”中的“国际法优先说”。一方面，日本也承认“自动执行条约或条款”，而且日本也积极进行国际条约义务的国内转化；另一方面他们也承认当国际条约与本国国内法生产抵触时，优先适用条约。他们的解释是：宪法规定的“日本国缔结的条约及已确立的国际法规范，必须诚实遵守之”，虽不能解释为“条约优于宪法”，但至少可以说，只要是已确立的国际法规范、已缔结的有效条约，立法机关就应据此制定相关的国内法；行政机关在实施国政的时候，就应该尽量与之一致；司法机关在裁判的时候，就应该承认其法规性；作为国民，亦应诚心诚意去遵守它。前面从通过手续上比较了宪法与条约的优劣，其实，全权委员也好，阁僚、国会议员也好，他们均负有遵守宪法的义务，在条约起草、签署、批准、承认时，他们就应该判断条约的内容是否违宪，如果一定要缔结违反宪法的条约，那也得先改定宪法的有关内容，再缔结条约。
总之，不能简单地说，日本在国际法与国内法的关系上，支持哪一种理论，哪一种学说。不管是在立法上，还是实践上，日本也是具体问题，具体对待。时而倾向“一元论”，时而倾向“二元论”，时而主张“国内法优先说”，时而主张“国际法优先说”。从这点来说，这到符合日本外交中“实用主义”的传统。

个人国际法地位之异同

关于个人是不是国际法主体的问题，中日学者存在不同的看法。在中国，绝大多数学者反对把个人视为国际法主体。王铁崖、魏敏主编的《国际法》认为：根据国际法的理论和实践，自然人和法人虽可以成为国内法的主体，但在国际关系中，它们不具有独立参加国际关系和直接承受国际法上权利义务的能力，因而没有资格成为国际法的主体。他们先将主张个人是国际法主体的论据归纳起来，然后逐一进行了反驳。尤其是关于外交特权与豁免权，他们指出：外交代表享有这些权利，并不是由于他们的私人身份，而是因为他们代表着国家。如果没有国家的权利或者他们不代表国家，他们就不能享有这种权利。关于保障基本人权，他们指出：《联合国宪章》和一些国际公约规定保障基本人权，并不意味着国际法能直接赋予个人以基本人权，个人的基本权利完全是由国内法加以规定和赋予的，国际法保障基本人权，主要是责成国家担负起保护人权的义务，而不是直接赋予个人权利。关于惩处个人的国际犯罪行为，他们指出：国际法规定对这类国际犯罪加以惩治，其相应的权利和义务主要针对的是国家，而不是个人。被惩处的个人只是因承担国际法上的刑事责任而成为惩罚的对象，而不能被视为国际法的主体。端木正主编的《国际法》除了沿用王铁崖他们的观点以外，着重分析了个人在国际法庭上的诉讼权问题。他们认为肯定个人在国际法庭上的诉讼权只是少数条约的规定，而且仅适用于某些地区，相反重要的国际法庭是排除个人的诉讼权的，比如《国际法院规约》就明确规定：“在法院得为诉讼当事者，限于国家”。国际实践表明：当个人的权益遭到他国侵害时，只有个人所属的国家依据国际法向他国追究责任，个人的权益才能得到保护。所以据此证明个人是国际法主体是不能成立的。邵津主编的《国际法》虽不象其他著作在标题中就旗帜鲜明地否认个人国际法主体地位，但他在论述中同样主张个人不能被认为是国际法的主体。他针对《奥本海国际法》（第9版）所说的“国家可以将个人或其他人格者视为是直接被赋予国际权利和义务的，而且在这个限度内使他们成为国际法的主体”，反驳到：国际法在极为有限的范围内给予个人以某种权利和义务，这与国家和国际组织在国际关系中的大量活动中所表现出来的权利能力和行为能力相比，只是少数例外情况。充其量，只能说个人有某种国际法律地位，但是这与国际法主体地位显然是不能同日而语的。他虽没有在正文中过多地反驳个人是国际法主体的观点，但他却在注释中详列了主张个人为国际法主体的学者的主要论据，及持个人不是国际法主体观点学者的反驳。