(2) 机制不健全，土地使用权流转中自发性和强制性现象同时存在虽然农村土地使用权流转已成为农村经济发展中的一种普遍现象，但土地流转无论有形还是无形市场都尚未形成，转出、转入之间缺乏足够的信息联系，阻碍着土地流转在更大的范围和更高的层次上进行。转包费、租赁费缺乏科学依据，也不是通过市场机制形成，在许多地方都还没有与土地使用权流转相关联的评估、咨询、公证、仲裁等中介机构，监督管理机构不健全，体制不顺。尽管政策和法规赋予了农业主管部门对农村集体土地的管理职能，但职责并不明确，无法更好地行使监督管理职责。同时，由于土地本身涉及到国土、农业、林业、水利等众多职能部门，而这些部门又各有各的法律和政策，使得土地流转部门之间出现法律、政策相互制约、互相推诿再所难免。土地、荒山、水面、林地等的流转包租，需要哪些部门审批，办理何种手续才具有合法性、权威性，承包者和包租者都不清楚。机制不健全，管理不顺，导致了土地使用权流转实践中的自发性和强制性同时并存。由于工作不到位，指导乏力，致使部分乡政府和村民集体经济组织对土地流转听之任之，放任自流，完全处于一种自发状态，流转主要在农户之间自发地进行。与此相反，一些地方乡政府和村社集体经济组织，出于调整产业结构，扩大生产规模而急于求成，不尊重农民的意愿，随意收回农民的承包地，进行重新发包，出租或集体统一经营，乡政府和村社集体经济组织扮演了土地流转的主导者角色，强制性推动土地流转。

(3) 合同不科学，流转不规范。业主经营具有较大的盲目性目前农村土地使用权流转合同不科学，不完善的现象相当突出，合同内容没有统一和规范。据调查，有的地方农村土地流转无约定或只有口头约定合同的占到了60%以上，签订合同但并未经合同管理机构审查监证的占1/4，也就是说，没有法律效率的无效合同几乎占到土地流转合同的近90%。还有一些地方的土地流转合同业主与农户之间的责、权、利关系都没有明确的规定，也无违约责任和保障条款，流转期限与土地第二轮承包期不一致，也没有充分考虑今后市场变化的因素。有的合同没有明确业主的生产共同费的负担主体和业主所进行的临时建筑物将来复耕费用的负担主体，有的合同甚至与现行的法律、法规、政策相违背。并且，大多数的合同在租金、生产性、公益性投入、基础设施投入、国家税费调整等重大问题上都缺乏长远考虑，留下了许多隐患。与之相关联，农村土地流转也不规范。一方面是流转的程序不规范。不通过村社集体经济组织确认便私自转包租赁土地者有之，不通过村民大会或村民代表大会讨论通过便将集体的“四荒地”与机动地转出去的村集体经济组织亦有之。另一方面是流转的主体不规范。在一些地方，业主不是与农村集体经济组织、农户等农村土地经营者、使用权拥有者签订协议，而是与乡镇政府或县级某部门签订协议，与农村土地集体所有制及相关的法律、政策相违背。

(4) 农民的合法权益缺乏有效保障，存在着改变土地农业用途的现象。农民获得了土地使用权，拥有对承包土地自主经营的权利及其相关利益。而现实是，由于一些外来企业不愿与农民打交道，乡镇政府急于招商引资，不经农户同意擅自与业主签订土地包租合同，并代企业先行垫付土地租金；还有一些村社以集体的名义随意终止承包合同，无偿收回或强迫农民转让、出租承包地，从而使承包农户的土地经营权、使用权无形中被基层政府剥夺了。同时，农民的经济利益也缺乏可靠保障。如一些外来业主开发、租赁农民和集体的土地，出于自身经济利益的预期，对农户和集体土地收益的补偿绝大多数都采取一年一给付的办法，由于农业的自然风险尤其是市场风险很大，业主一旦经营失利，多数情况下是逃之夭夭，不能履行合同义务，无法兑现农民的承包和补偿费用。