《蒙古秘史》是13世纪时，以畏吾儿体蒙古文书写的，记载蒙古族古代历史的珍贵文献史料，原名为《忙豁·仑·纽察·脱察安》（蒙古的秘史之意）。明洪武十五（1382）年始，译成汉文，改名为《元朝秘史》。今其畏吾儿体蒙古文原文早已佚失，流传下来的只有明代以汉字音写蒙古语的《元朝秘史》。
国内学者研究《蒙古秘史》，已有悠久的历史。学术界也有人认为《蒙古秘史》研究始于明朝。白·特木尔巴根就曾在《明代史乘著录〈元朝秘史〉考略》（《内蒙古师大学报》，1990年，第3期）一文中，指出了我国学者对《元朝秘史》的研究不是始于清代，其时间上限应推至明洪武年间。认为明代学者开创了《元朝秘史》研究的先河。明代，将《元朝秘史》十二卷本录入黄虞稷所撰《千顷堂书目》。明永乐年间，并将十五卷本《元朝秘史》编入《永乐大典》（此版本迄今不见）。另外，明朝翰林院编修，对畏吾儿体蒙古文《蒙古秘史》进行了汉字音译，并附录了汉译（分为旁译和总译）部分。
　　清代学者，对《元朝秘史》的研究，有了更进一步的发展。
这一时期，出现了《蒙古秘史》诸多抄本。自十二卷本版本产生了顾广圻的《元朝秘史》（1805年）校勘本（被称为顾校本）。自顾校本又派生出《四部丛刊》三编本（以下简称四部丛刊本）和叶氏观古堂刻本。1885年，文廷式复抄顾校本，出现了文廷式抄本。1908年，叶德辉复抄文廷式抄本，成木刻版十二卷本《元朝秘史》，即所谓的叶氏观古堂刻本。
清代学者钱大昕（1728－1804年），将汉字音译蒙古语和汉译对照的《元朝秘史》从《永乐大典》中抄出来，成为元史学上的一大发现。而永乐大典所收为十五卷本《元朝秘史》。其后，1896年，李文田（1834－1895年）参考六七种典籍为《蒙古秘史》作注，有《元朝秘史注》十五卷刻本（第一、二、三册，商务印书馆，上海，民国二十五年，1931年），属于最早的译注本。
这一时期，除各种版本广泛流传之外，还出现了许多考证文章。阮惟和的《元秘史地理今释》和施世杰的《元秘史山川地名考》，为这一时期代表性著作。
民国时期，1927年，王国维在《元朝秘史之主因亦儿坚》（载《王国维遗书》第三册，上海古籍书店，1983年版，《观堂集林》卷16）一文中，考证了《元朝秘史》中的主因亦儿坚就是金朝后期的札军。并有《蒙文元朝秘史跋》（《观堂集林》卷16）。陈彬和在其选注的《元朝秘史》新序（商务印书馆，上海，1929年）中，对《蒙古秘史》的作者、成书年代等问题作了探讨。1934年，陈垣在《元秘史译音用字考》（载《陈垣学术论文集》，第二集，中华书局出版，1982年版）中，探索了《元朝秘史》译音用字规律问题。
新中国成立之后，谢再善以叶德辉观古阁刻本汉字音写原文为底本，出版了最早的《蒙古秘史》（开明书店，北京，1951年版）汉译本。
　　1978年以后，国内学者对《蒙古秘史》的研究，有了快速的发展。出现了《蒙古秘史》不同版本的译注本和蒙文还原本，研究论文数量也惊人之多。
额尔登泰、乌云达赉的《〈蒙古秘史〉校勘本》（内蒙古人民出版社，1980年版）是以四部丛刊本《元朝秘史》12卷本为底本，参照叶德辉观古堂刻本及苏联的藩克福的15卷本，是对照三种版本《元朝秘史》的最早的校勘本。此外，这一时期的译注本，还有满昌的《蒙古秘史》简译本（蒙文，内蒙古人民出版社，1987年版）。道润梯步的新译 简注《蒙古秘史》（内蒙古人民出版社，1979年版）。
同时，国内学者对《蒙古秘史》也进行了畏吾儿体蒙文还原工作，亦邻真和巴雅尔的《蒙古秘史》还原本，是最具参考价值的还原本。此两种还原本的出现，不仅象征着国内《蒙古秘史》畏吾儿体蒙古文还原工作，取得了最辉煌的成果，而且，与各国学者对《蒙古秘史》所进行的畏吾儿体蒙古文还原情况相比，两位学者的还原本，也是属于世界一流的。不仅在国内《蒙古秘史》研究史上，具有较高学术价值，在世界《蒙古秘史》研究中，也具有极大影响。为各国学者研究《蒙古秘史》提供了方便。

　　亦邻真的《蒙古秘史》畏吾儿体蒙古文还原本（内蒙古大学出版社1987年版），就《蒙古秘史》的书名和作者、成书年代、汉译年代、以及版本等诸多问题进行了研究，是从历史学角度对《蒙古秘史》所进行的研究著作。巴雅尔的还原本《蒙古秘史》（上，中，下三卷，内蒙古人民出版社，1981年出版），由三部分组成：第一部分属于有关《蒙古秘史》作者、音译者、意译者而撰写的学术论文；第二部分是根据《蒙古秘史》汉字音译原文和旁译、总译，而对其所进行的罗马字转写和畏吾儿体蒙文还原文等；第三部分是附录的《注音字典》，共收入了《蒙古秘史》音译过程中所用的五百多个汉字。这将对《蒙古秘史》语言学方面的研究，提供了便利条件。
《蒙古秘史》文献学方面的研究专著，有甄金的《蒙古秘史学概论》（内蒙古人民出版社，1996年版）。还有论文集《蒙古秘史研究》（蒙文）（内蒙古人民出版社编，1990年版）。收入了1990年，在乌兰巴托召开的“纪念《蒙古秘史》诞辰750周年国际学术研讨会”上，国内学者所提交的二十多篇论文。
前者，是国内唯一以专著形式出现的有关《蒙古秘史》文献学方面的研究著作，由代序及正文十二章构成。在总结前人研究基础上，就《蒙古秘史》与《圣武亲征录》、《史集》、罗卜桑丹津的《黄金史》等其它史料的关系问题；《蒙古秘史》的成书年代、书名和作者、以及汉字音写年代、及汉译底本等谜多问题；《蒙古秘史》的版本源流等问题进行了系统的研究。后者，是国内学者从不同角度对《蒙古秘史》所进行的研究成果的总括。就《蒙古秘史》的作者、版本、写作年代等问题，进行了不同角度的考究。
方龄贵在《记所见阮惟和〈元秘史地理今释〉抄本》（载中国蒙古史学会编《中国蒙古史学会成立大会纪念集刊》，1979年）一文中，考证了上海复旦大学善本书目中所见《元秘史地理今释》抄本为阮惟和书。他在《我和蒙元史研究》（张世林编《学林春秋》初编，朝华出版社，1999年，下册）中，讲到对《蒙古秘史》的研究时，也提到了当时对此抄本的考证情况。俞宏标《施世杰〈元秘史山川地名考〉》（内蒙古社会科学，1999年第2期）一文，对施世杰及其著作进行了介绍。
关于《蒙古秘史》版本问题，国内学者也有深入研究。《蒙古秘史》有两种不同版本。十二卷本抄本和十五卷本抄本。这两种版本在内容方面，没有差别。前者，将《蒙古秘史》的内容分为十二部分，后者，将《蒙古秘史》的内容分为十五部分。十二卷本为明洪武十五年所译《元朝秘史》，称为明洪武刻本，由正文十卷和续集二卷组成。学术界研究、译注《蒙古秘史》，通常是以十二卷本为底本，这一版本错误少一些。《蒙古秘史》十二卷本，普遍以《四部丛刊》本和叶德辉本为底本。
陈彬和在《元朝秘史》（学生国学丛书，商务印书馆，上海，民国二十二年，1929年，《新序》第52页）新序中对诸种版本进行了介绍。共列举了三十二种版本，属于中国的有二十四种版本《元朝秘史》。1951年，洪业撰《〈蒙古秘史〉源流考》（洪业撰，黄时鉴译，《中国元史研究通讯》，元史研究会编，1982年，第2期。英文发表在《哈佛亚洲学志》第十四卷第三、四期合刊）一文，就《元朝秘史》永乐大典原文本和明刻原文本诸抄本问题，进行了详细的研究。甄金在《蒙古秘史学概论》（内蒙古教育出版社，1996年版）中专设一章，介绍了《蒙古秘史》版本流传情况。制表分别介绍了明洪武刻本和永乐大典本的流传、派生出的复抄本情况。又有《〈蒙古秘史〉源流研究概述》（载《中国蒙古史学会论文选集》，内蒙古人民出版社，1984年）一文。白·特木尔巴根《清代藏书家著录〈元朝秘史〉考略》（内蒙古师大学报，1992年，第3期）一文，就清代藏书家所藏《元朝秘史》的流传状况进行了研究。他的《喀喇沁亲王府所藏〈元朝秘史〉抄本及其学术价值》（内蒙古师大学报，1998年，第1期）一文，披露了一部鲜为人知的蒙古王府藏本，认为这部喀喇沁亲王府所藏《元朝秘史》抄本，是唯一的内廷抄本。另两篇《马玉堂十五卷本〈元朝秘史〉抄本》（蒙文）（《蒙古秘史研究》，1990年）和《十五卷本〈元朝秘史〉和清代蒙古学者博明》（蒙文）（《内蒙古师大学报》，1987年，第2期），就十五卷本《元朝秘史》进行了研究。

国内学者，在研究《蒙古秘史》版本问题的同时，也对《蒙古秘史》进行了文献学方面的研究。
《蒙古秘史》文献学研究方面，一直以来存在着诸多的谜。例如《蒙古秘史》的书名及作者、成书年代、汉字音写本底本及汉译年代等。
关于《蒙古秘史》的书名问题，有几种不同观点。一种观点认为，在此书开头的《元朝秘史》卷一之下以小字所记：“忙豁仑纽察脱察安”（即“元朝秘史”）为原书名。这一观点，已成为世界各国学者公认的观点。顾广圻误将“忙豁仑纽察脱察安”为撰书者名字。这一观点，又被李文田、丁谦等学者沿用。另一种观点则认为，此书第二行的“成吉思合汗纳忽札兀儿”（成吉思皇帝的根源）为原书名。亦邻真则指出，认为“成吉思汗纳忽札兀儿”为《蒙古秘史》原书名的观点是错误的，他在《元朝秘史》蒙文还原本（1987年版）中指出，此书原来没有书名，“忙豁仑纽察脱察安”是后来译者所加。
关于《蒙古秘史》的作者问题，学术界有不同观点。一部分学者认为《蒙古秘史》是由一人撰写的，有些学者则认为《蒙古秘史》不是由一人撰写的，是由若干人撰写的。这种观点首先是由内蒙古大学学者亦邻真提出，他认为《蒙古秘史》的作者不是一人，寻找《蒙古秘史》的作者是徒劳之事，这是有难度的问题。巴雅尔在《关于〈蒙古秘史〉的作者和译者》（卢明辉 余大钧 高文德编《蒙古史研究论文集》，中国社会科学出版社，1984年版，第169页。另见巴雅尔的《蒙古秘史》前言）.一文中，反驳德国学者海涅士早已提出的《蒙古秘史》作者为“失吉忽秃忽”的观点，指出《蒙古秘史》的作者为右丞相镇海、必阇赤长怯烈哥、必阇赤薛彻兀儿等人。
关于《蒙古秘史》的成书年代问题，争议最大。根据《蒙古秘史》书末所记载的：“召开大忽里勒台，在鼠儿年七月，在客鲁涟河阔迭额阿勒的朵罗安勃勒答黑、失勒斤扯克两地之间驻扎行宫时修撰完了” ，根据这鼠儿年七月，提出了几种观点。
首先，1240年说，是史学界公认的说法。最早认为《蒙古秘史》成书于1240年的，是清代学者徐松、李文田等人，屠寄和陈彬和也持这一观点。李文田在其《元朝秘史注》（光绪丙申年（1896年）渐西村舍刻本，第15卷，第十叶正面。或商务印书馆，上海，1931年版）中指出，“按太宗崩于十三年辛丑十一月，其鼠儿年则十二年庚子也”。这里所谓“太宗崩于十三年辛丑”即指元太宗窝哥台死于1241年之事，“其鼠儿年则十二年庚子也”即指《蒙古秘史》成书的鼠儿年1240年。
其次，有1228年说，首先提出《蒙古秘史》的成书年代应是1228年的，是清末学者丁谦。1901年，丁谦在《元秘史地理考证》（浙江图书馆丛书第二集，上下册，《元秘史作者人名考》，第2叶正面）中指出，“按《秘史》末条，明大聚会著，鼠儿年写毕。鼠儿年，戌子也。元太祖殁于丁亥，次年大会诸王公，议立新君，书即成于是年”。这里所谓的“元太祖殁于丁亥”是指成吉思汗死于1227年，“次年大会诸王公，议立新君，书即成于是年”即指1228年。1927年，陈彬和在其选注的《元朝秘书》新序中，对于丁谦的1228年说，提出了反对意见，认为1228年，太宗窝哥台还没有即位（1229年即位），《蒙古秘史》1228年成书的话，怎能记载太宗当国之事呢？并对《蒙古秘史》成书于1240年说进行辩护。内蒙古学者甄金在《试析〈蒙古秘史〉成书年代》（《蒙古秘史研究》，1990年版，第198页）一文中，指出《蒙古秘史》是由序文、正文、续文、结束语四部分组成，《蒙古秘史》序文、正文、和结束语三个部分，成书于1228年的说法。

再者，有1252年说，这一观点，首先是由法国学者格鲁塞提出（《蒙古帝国》1941年）。过了四十年以后，国内学者余大钧极力支持这一观点，他在《〈蒙古秘史〉成书年代考》（《中国史研究动态》，1982年，第1期，第157页）一文中，反驳1228年说和1240年说的观点，认为此说缺少理论依据，指出《蒙古秘史》成书于壬子年七月，即1252年8月。
亦邻真则持《蒙古秘史》不是一次成书的观点。他在《蒙古秘史》还原本序文中指出，“《蒙古秘史》成书年代问题是个没有结果的问题，因为这部书不是一次修成的。鼠儿年，即1228年甲子，只是写成第1—268节的初稿时间”。
　　此外，洪业在《〈蒙古秘史〉源流考》一文中，提出了《蒙古秘史》的著书年代为1264年的说法。
. 关于《蒙古秘史》的汉字音译问题，国内学者主要从以下两个方面进行了研究。一是对《蒙古秘史》汉字音译原本问题的研究，二是对《蒙古秘史》汉字音译者、汉字音译年代的研究。
《蒙古秘史》汉字音译原本问题，学术界存在着四种不同观点。一种为《蒙古秘史》汉字音译原本为八思巴字原本说；一种为畏吾儿体蒙文原本说；另一种为1941年，由前苏联学者科津提出的《蒙古秘史》原本是以汉字标写蒙古语的观点。国内学者满昌在《论〈蒙古秘史〉的原文是用汉字写成的》（蒙文）（《内蒙古教育学院学报》，1990年）第1期）一文中，支持科津的这一观点。第四种观点则是陈彬和的三原说，他在《元朝秘史》新序中指出：最早的蒙古语本子、灭了乃蛮之后修订过的畏吾儿体蒙古文本、以及最晚的八思巴文本，都可以说是原本。
一直以来，《蒙古秘史》汉字音译底本为畏吾儿体蒙文原本说，是学术界公认的。持八思巴字原本说的学者认为，《蒙古秘史》的汉字音译底本为八思巴字本，认为汉字音译《蒙古秘史》是，先将《蒙古秘史》畏吾儿体蒙文原本转写为八思巴字本，再从八思巴字本进行汉字音译。这种观点肯定《蒙古秘史》的原本为畏吾儿体蒙文本，在这一方面，八思巴字原本说与科津的观点是有本质区别的。
巴雅尔在《〈蒙古秘史〉原文续考》（《内蒙古师范大学学报》，1992年，第3期）一文中，提出《蒙古秘史》汉字音译原本为畏吾儿体蒙文本的观点，并反对科津的观点。甄金在《试论〈蒙古秘史〉原文》（内蒙古师大学报，1986年，第2期）一文中，反对陈彬和的三原说，认为其说是不足取的。并表示不赞同科津的汉文原文说和服部四郎的八思巴字原文说，主张畏吾儿体蒙古文原文说。
关于《蒙古秘史》汉字音译者和汉字音译年代问题，国内学者主要是根据《明实录》第一卷，第四十一条中所记载的：“命翰林院侍讲火源洁等编类华夷译语。上以前元素无文字、发号施令、但借高昌之书、制为蒙古字以通天下之言。至是乃命火源洁与编修马沙亦黑等、以华言译其语。凡天文地理人事物类服食器物靡不具载。复取元秘史参考、纽切其字以谐其声音。既成。诏刊行之。自是使臣往复朔漠、皆能通达其情”。
关于《蒙古秘史》的汉译者问题，国内学者普遍 认为《蒙古秘史》的汉字音译者，为明代翰林院侍讲火源洁、马沙亦黑等人。关于这一问题，内蒙古师范大学巴雅尔教授提出不同观点。他在《关于〈蒙古秘史〉的作者和译者》一文中，指出《蒙古秘史》的汉字音译者和意译者，是翻译《圣武开天记》的察罕。
关于《蒙古秘史》的音译年代问题，国内学者主要从《蒙古秘史》音译年代和《华夷译语》的成书年代的先后问题着手进行研究的，有两种不同观点。一些学者认为《蒙古秘史》的汉字音译在先，另一些学者则认为《华夷译语》的成书年代在先。解决《元朝秘史》的汉字音译年代和《华夷译语》的成书年代问题，是确定《元朝秘史》汉字音译年代的关键所在。《蒙古秘史》的汉字音译年代，大体上，认为是明朝洪武初年，由太祖编修史书之臣所译。这里提到的《华夷译语》是指成书于明朝洪武15年（1382年）的甲种本，《华夷译语》有甲、乙、丙三种本。

国内王国维、陈彬和、巴雅尔等学者，认为《蒙古秘史》的汉字音译早于《华夷译语》的成书年代。据《明实录》记载的“复取元秘史参考”几字，王国维在《蒙文元朝秘史跋》中指出，《元朝秘史》于洪武二年所译，因此，洪武十五年撰《华夷译语》时得取以参考。陈彬和在《元朝秘史》新序中指出：《元朝秘史》是明初洪武十五年着手译的，总译部分是洪武二十三年之后，对《元朝秘史》进行修订所加。巴雅尔在《关于〈蒙古秘史〉作者和译者》一文中，断定《元朝秘史》的汉字音译年代为元仁宗朝，这是第一次音译时间（1312到1320年）。第二次汉译是自明朝洪武元 年（1368年）到永乐初年之前。关于这一问题，陈垣则认为《元朝秘史》的汉译年代在《华夷译语》成书年代之后。他在《〈元秘史〉译音用字考》一文中指出《华夷译语》的成书年代要早于《蒙古秘史》的汉译年代。
总之，国内学者对《蒙古秘史》的研究，取得了丰硕成果。但大多局限于对《蒙古秘史》作者、成书年代、汉译等问题的研究方面。就《蒙古秘史》旁译、元代白话硬译文体与《蒙古秘史》汉译关系、《蒙古秘史》汉译与《华夷译语》的比较研究等问题，是研究《蒙古秘史》学者值得关注的问题，并有待于进行深入研究。