(一)司法鉴定的法律制度较为滞后
1998年以来，在司法鉴定工作改革过程中司法部根据国务院职能配置，颁布了《司法鉴定机构登记管理办法》和《司法鉴定人管理办法》两个规范性文件，规范了面向社会鉴定机构的设立条件、鉴定人的资质条件等准入标准；黑龙江省、重庆市、吉林省、四川省结合本地实践，先后出台了司法鉴定地方性法规，有力地推动和规范了上述地区的司法鉴定工作。但从全局上看，我国至今没有一部全国统一的司法鉴定法，对司法鉴定的法律规定分散于三大诉讼法中。由于没有规范司法鉴定的统一法律，只有各部门规定的调整特定范围的司法鉴定规则，存在的突出问题是：鉴定的标准和效力层次无统一规范，鉴定的程序和方法无统一规则，鉴定的受案范围无统一标准；鉴定的执业分类无统一规定；鉴定的管理无统一的主管部门，鉴定的法律责任无统一的确认体系等等。于是，国家各司法机关因司法工作具体操作急需，相继制定了一些调整司法鉴定购规章性文件：比如公安部制定的《刑事技术鉴定规则》、最高人民检察院制定的《法医工作细则(试行)》，最高人民法院下发的《人民法院司法鉴定工作暂行规定》，还有最高检、最高院、公安部、司法部联合发布的《精神疾病鉴定暂行规定》和《人体轻伤鉴定标准》、《人体重伤鉴定标准》等，这些规定虽在一定程度上缓解了司法鉴定领域无法可依的困扰，对于本部门的司法鉴定起到了一定的规范作用、但总的来说难以解决根本问题。循其原因主要是：
1、这些规定的效力从本质上讲只适用本部门。比如最高人民法院以法发[2001]23号文件形式下发的《人民法院司法鉴定工作暂行规定》，本人与辽宁六合律师事务所刘洋飞律师的观点相同，即从文件本身的性质来看其不是司法解释，而是法院内部管理制度，与其他行业、单位的管理制度的性质是相同的，对外没有法律效力。该规定第4条“凡需要进行司法鉴定的案件，应当由人民法院司法鉴定机构鉴定，或者由人民法院司法鉴定机构统一对外委托鉴定”，的确带有明显的部门利益倾向，当然也如同刘洋飞律师所述：违反了当事人意志自治原则，侵害了面向社会服务的司法鉴定机构的平等竞争权，属于不正当竞争行为。所以从法理上讲由于这些规定仅适用于本部门，不具有普遍效力，同时诉讼活动也不仅仅限于某一个系统，一旦诉讼推进到新阶段，由于各部门各有自己的规则，往往会出现相互扯皮、重复鉴定的情形，使司法鉴定的公正性受到损害。
2、这些规定限定了司法鉴定的主体范围。实践中鉴定对象的范围日益扩大，使超出本部门规定范围的司法鉴定对象无法可依，使大量的民事、经济案件找不到鉴定机构，或因当事人对鉴定机构的鉴定权有异议，而被拖延甚至无法裁判。
3、对司法鉴定机构的设立和鉴定人权利义务等规定参差不齐。由于各部门的规定内容粗细不均，技术标准和法律水准不一，甚至失衡，往往会出现各行其是，造成矛盾、冲突现象，难以适应诉讼领域的逐步拓宽，新型案件不断出现，司法鉴定范围日趋扩大的新情况。
(二)司法鉴定的管理体制尚不健全
当前公安机关、检察机关、人民法院为保证侦查、检察、审判活动的顺利进行，都建立了与本部门工作相适应的鉴定机构。由于公检法机关都分别设置了鉴定机构而形成了各自为鉴的司法鉴定管理体制。这种“自侦自鉴”、“自检自鉴”和“自审自鉴”的管理体制虽有有利于诉讼的某些阶段，但由于缺乏必要的制约和监督，行政干预和人情鉴定难以避免，违背了诉讼的原则，也降低了司法鉴定的权威性，损害了司法公正。在司法鉴定各项制度的设置上存在种种不匹配和扭曲的现象，一方面规定鉴定人同司法人员一样应实行回避制度，要求鉴定人中立于双方当事人，以体现保持“中立鉴定人”的底蕴；另一方面又规定这些人员属于司法机关内部人员，如列入司法机关人员编制、享有公职人员身份等，使鉴定人处于不能中立的结构中，致使鉴定人的定位和实际处境相矛盾。一旦案件涉及司法机关自身的责任问题，鉴定程序的公正性、鉴定结论的科学性就难以保证。