实现司法鉴定机构同公、检、法机关的分离，是司法公正的内在要求。同时，这种分离也可避免司法鉴定机构的重复设置以及司法实践中的多头鉴定，符合效率的价值准则。在实现司法鉴定机构同公、检、法机关分离的基础上，应将司法鉴定机构独立设置，鉴定活动独立进行，司法鉴定管理权统一于某一职能部门，这样更能保证鉴定结论的真实性，避免许多人为因素的干扰，保障司法公正。从西方国家实践和我国现情来看，我国司法行政机关独立于诉讼之外，对司法鉴定的管理职能应全部交由司法行政机关行使。公、检、法各自专职司法鉴定机构应逐步取消或移交地方并由司法行政机关统一管理。司法行政机关对司法鉴定的统一管理应包括鉴定机构的设置、鉴定人资格的审定和取消、鉴定人的业务培训和职称晋升、鉴定标准、程序、范围、对象的制定、对司法鉴定活动进行业务指导和监督以及对鉴定人的必要奖惩等等。
(二)设立四级专职司法鉴定机构，实行两级终鉴制度
在司法鉴定组织体系中，司法鉴定机构应分级设置。本人认为应建立四级专职制，即国家级、省级、地市级、县级司法鉴定机构。考虑到大量的一般性司法鉴定案件在基层诉讼案件中产生，从方便组织鉴定、提高办案效率、降低鉴定成本、加强属地管理等角度出发，县级、地市级司法鉴定机构的存在符合我国国情。同时考虑到司法鉴定的严肃性、专门性和高技术性，对于一些在本地区、本省、全国具有重大影响或重大疑难的鉴定案件可由省级、国家级司法鉴定机构鉴定。
四级鉴定机构在人员的职能结构、专业层次、鉴定范围以及鉴定结论的效力上必须有所区别。
在鉴级制度上，实行两级终鉴制，即每一审级可进行两级司法鉴定，对初鉴定如有疑议，可申请由上一级司法鉴定机构进行复鉴定，复鉴定为该审级的终局鉴定。这与我国的两审终审的审判制度相一致，也与司法职能的地域管辖相配套，兼顾了诉讼的公正性与效率价值。
(三)实行鉴定主体资格预先审定制度
司法鉴定所涉及的都是专业性很强的专门性问题，因而对司法鉴定机构和鉴定人员的专业技能的要求是很高的。为保证司法鉴定结论的科学性和公正性，需要确认司法鉴定主体的资格。
国际上对司法鉴定主体资格的确认主要有两种方式：大陆法系国家多采用预先审定方式，即由有关机关预先确定享有司法鉴定权的人员和单位，并登记造册。只有被列入名册的人员和单位才能受理司法鉴定。英美法系国家多采用法官临时审定方式，即当事人选聘的鉴定人是否具备鉴定资格，由法官在诉讼过程中临时确认。还有的国家是兼取两种做法，既由国家明确规定享有司法鉴定权的人员和机构，又允许民间专业机构和人员从事司法鉴定工作。
根据我国的实际情况，我国司法鉴定主体资格的确认应采取预先审定的方式。凡是专职司法鉴定机构都由司法行政机关统一审核确认、登记造册。其他可以从事司法鉴定的机构及其鉴定人员的司法鉴定资格也应由司法行政机关预先统一审定，并登记造册。对诉讼中涉及需要进行司法鉴定的专门性问题，均只能由预先审定注册的法定机构及其法定人员进行鉴定。但是，对某些不常见的专门性问题存在无鉴定能力的情况是难免的。对这类问题不得不由非法定机构、非法定人员进行鉴定，这种情况下，建议其鉴定资格由省、部级司法行政机关组织专家委员会（或由省、部级司法鉴定委员会）安预定程序临时审定。
(四)建立诉讼中司法鉴定的决定权、委托权由司法职能部门行使的制度
司法鉴定是由司法职能部门决定和委托，还是由当事人决定和委托，不同的国家在立法上是有差异的。与职权主义诉讼制度相适应，大陆法系国家通常实行由职能部门决定和委托鉴定的制度，而实行当事人主义诉讼制度的英美法系国家，通常采用由当事人自行决定和委托鉴定的制度。
从我国实情来看，虽然刑事诉讼法的修订和法院庭审制度的改革在一定程度上吸收了当事人主义诉讼制度的某些做法，完善了三种诉讼职能的分工，双方当事人在诉讼中的地位有所加强，但整个诉讼制度的总体特征仍然趋向于大陆法系的职权主义。在这种情况下，如果实行当事人委托鉴定制度，司法鉴定的公正价值将难以实现，同时也有悖于效率的价值准则。因此，本人认为当前我国建立诉讼中司法鉴定的决定权、委托权由司法职能部门行使的制度是适当的。

在由司法职能部门决定、委托司法鉴定的情况下，当事人的司法鉴定申请权和回避申请权应切实得到保障。当事人的司法鉴定申请权包括提请决定司法鉴定申请权和复鉴定申请权。对当事人的司法鉴定申请，司法职能部门应予接受，无正当理由不得拒绝，也不得将自己对鉴定结论正确与否的判断作为是否接受当事人申请复鉴定的根据。另外，应要求司法职能部门在委托司法鉴定机构和鉴定人之前征求双方当事人对鉴定机构和鉴定人的意见，鉴定人在相同专业层次注册人员中随机产生，鉴定人的人数应三人以上并呈单数，以此作为对司法职能部门行使司法鉴定委托权的一种制约手段，制止可能发生的“暗箱操作”行为，以利客观、公正地实施鉴定。
(五) 纠正立法失误，加快司法鉴定法治建设步伐
当前司法鉴定存在的种种不正常现象，另一个重要原因是立法严重滞后，司法鉴定呈现“没有规则的游戏”的状态，因而必须尽快制定“规则”，加快完善司法鉴定法律制度，以此巩固司法鉴定体制改革中已经取得的成果，使司法鉴定工作真正步入法治化健康发展的轨道。目前，司法鉴定立法工作已经有了突破，三个地方性法规的出台、两个部颁规章的颁布以及部、省有关司法鉴定的一系列规范性文件的制定，都为下一步的立法工作奠定了基础。同时我国在立法过程中，一定要纠正以往立法上的失误。如我国现行的刑事诉讼法将“鉴定”作为“侦查章”中的一节，与其他各项侦查措施并列，意昧着鉴定属于侦查行为或侦查活动。刑诉法上这种结构与条文并列的关系，属于立法上的疏忽或失误，导致侦查活动与鉴定活动界限上的混淆，引起“自侦自鉴”和“依法回避”法律概念的争论。
综上所述，改革与完善我国现行的司法鉴定制度，可以纠正与改变当前司法鉴定实践中存在的主要缺陷和弊端，有利于促进鉴定结论这一特殊证据更加客观、公正、科学与权威，使其在诉讼活动中发挥应有的作用，为社会主义法治社会服务。