其次，检察机关依法会对全案进行审查，此时犯罪嫌疑人会因为案件已经进入审查起诉阶段，继续顽抗将会对自己在审判时不利而会尽力和检察机关合作，为减轻自己的罪行而做他们可以作到的一切。这时自首和立功就是他们的首选。检察机关会根据法律的规定对犯罪嫌疑人的立功行为进行全面的审查和分析，以做到最为公正的认定。侦查机关认为有立功行为的，检察机关经过依法全面的审查，认为不符合立功条件的，不予认定为立功，侦查机关或犯罪嫌疑人如有异议，可以申请检察机关复议，由检察机关作出最后的认定；侦查机关在移送审查起诉时没有提出犯罪嫌疑人有立功行为，经检察机关的审查认为犯罪嫌疑人有立功行为或有立功的可能，可以直接认定立功或要求侦查机关补充侦查后作出是否存在立功的认定。
最后，检察机关有对犯罪嫌疑人提起诉讼的职责，在将其起诉到法院时检察机关会根据自己的认定，被告人有立功情节要求审判机关在判处刑罚时作出从轻或减轻的判决。此时审判机关应对检察机关移送的全部案卷进行程序性审查，如程序合法，应确认被告人立功；如程序不合法可以要求检察机关补充，检察机关在时限内不补充或补充后仍不合法的，审判机关对立功情节不予确认。
三、 立功的表现形式
立功对于犯罪嫌疑人、被告人和罪犯而言关系重大，所以侦查机关、检察机关、审判机关在对立功的处理上一定要十分的慎重。但是，由于我国刑法及其司法解释对立功的规定本身就存在着多处模糊不清的地方，以至于对立功的认定问题没有形成一个统一的认识，造成在司法实践中不同的司法机关对于同一立功行为作出不同的认定。结合理论和实践，笔者对立功规定的多处模糊处做了分析并提出了一些建议。
（一）“揭发他人犯罪行为，查证属实的”
揭发他人犯罪，应该是指，揭发除本人之外的其他人的犯罪行为，包括与本案无关的他人或共同犯罪中其他犯罪嫌疑人的除本案之外的其他犯罪行为，并且所揭发的犯罪行为必须可以被认定为犯罪，应该受到刑事处罚或作为有罪不诉。如果只是一般的违法行为，仅应依照行政法规接受行政处罚的行为不应认定为揭发他人的犯罪行为。“查证属实”应该是侦查机关在初查之后，交由检察机关分析认定，事实是否属实，是否属于犯罪行为，是否应该受到刑罚或免于刑罚，最后认定其行为是否属于立功。
（二）、“提供重要线索，从而得以侦破其他案件”
提供重要线索，是指那些侦查机关尚没有掌握的线索，并且线索的重要性足以使本案得以侦破。如果此线索已被侦查机关掌握或提供的线索的重要程度不能使案件得以侦破，那么，就不能成为立功。此时侦查机关的主观性会很大，可能造成对案件不公正的处理结果。如谎称犯罪嫌疑人或被告人或罪犯提供的线索已被掌握，但实质并没有掌握或谎称线索的重要性不足以侦破相关案件，实质上其根本没有依据此线索对案件作出应有的努力而只是因为某种原因想严惩犯罪嫌疑人、被告人或罪犯。为了防止此种事件的发生，为了保证法律得以正确的实施，检察机关应当监督侦查机关的相关行为，侦查机关应提供必要的证据，证明犯罪嫌疑人、被告人或罪犯提供的线索确实已经被侦查机关掌握或根据此线索经侦查机关的努力工作仍然无法侦破相关案件，并且侦查机关在提供相关的证据时应包括侦查人员与犯罪嫌疑人、被告人或罪犯无利害关系和侦查机关对犯罪嫌疑人、被告人或罪犯无不公正行为的证据。最后由检察机关对以上事实和证据进行审查，认定是否为立功。如，侦查机关有上述的不法行为或证据不足，可以要求侦查机关补充侦查或补足相关证据，对有责任的人员给予处罚。
（三）、“其他立功表现”
根据最高人民法院《关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》，其他立功表现包括：阻止他人犯罪活动；协助司法机关抓捕其他犯罪嫌疑人，（包括同案犯）具有其他有利于国家和社会的突出表现。