司法的行政化对合议制的实施产生了重大负面影响，具体表现在法官审判案件时要受院长、庭长和审判委员会的领导。根据法院组织法，法院的院长、庭长不是一种审判组织，而只是一院或一庭的行政事务管理者，其根本的身份还是一名法官。作为法官，法律并没有赋予院长、庭长在对具体案件的审理中拥有比一般法官更多的职权。即使是院长，也只是有对疑难重大的案件可以提请审判委员会讨论、对确有错误的生效判决可以提请作出再审决定，但并无单独做出裁判或改变裁判的权力。但在我国各级法院，法官审理案件往往要向院长、庭长请示汇报，院长、庭长有权对案件的审判提出意见，甚至改变合议庭的决议，拟定的判决、裁定等也必须经过庭长、院长审阅签署以后才发生效力。当然兼任司法行政职务的法官对案件的审判权拥有超越其他法官的特别权力，在我国有一定的历史原因，在建国初期由于人民司法力量的薄弱，为实现司法的正义及法律实施的统一，不得已采取行政集体领导的方式，这对确保司法产品的质量起到过一定的作用，但这些以允许存在法官之上的法官，以牺牲法官的独立性来获得，其代价实在太高。

六、法院内部论资排辈、只能上不能下现象严重，缺少激励机制。
法学家贺卫方认为目前我国推行的一套法官等级制度在追求与行政官之间区别的背后，显示出制度设计者既想表现行业的特殊性，却又难以超越行政管理的惯常思路的尴尬情形。16
由于《法官法》出台时的先天不足，其存在许多难以逾越的缺陷，其中最大的失败就是在同一等级的法院中设置过多不同等级的法官，这显然与法官独立原则的坚持相违背。现行制度的缺陷主要是等级的划分过于细致和繁琐，法官的级别分为四等十二级，这样的划分在当今世界上是绝无仅有的，就拿上海的基层区县法院来看，同样是法官但其法官等级就可能从五级法官到二级高级法官有八级之分。过细的等级划分，导致一个法官在执业生涯中其法官等级的经常性变更晋升，这种变更和晋升可能造成法官对级别问题的过于敏感，产生严重的级别意识。应当看到，在行政机关和军队里面，为了确保效率，往往把下级服从上级作为一个基本的要求提出，所以强调等级是必然的。法院确实也要优质高效，但相比而言追求公正才是法院工作的终极目标，应当说正因为法院区别于行政机关和军队，把公正放在了效率之前，法院才具有了存在之必要。而公正的获得有赖于独立的判断，所以法官是一种特别反等级的职业，对于司法职业来讲，法官最重要的品格是独立。独立不仅仅意味着法院系统对于外部干预的独立，而且也意味着上、下级法院之间的独立，更意味着法官个人的独立。法官只服从自己对法律的理解，服从自己心中的正义标准。但是目前的法官等级制度，客观上却在强化法官之间的等级差别，从而对培养具有独立品格法官的努力造成了极大的负面影响。
由于法官等级的确定，主要是依据行政级别高低、工龄长短来确定，基本上未去考查法官的司法经验、法学理论修养、案件处理能力及效果，并且法官等级只上不下，造成老法官没有危机感，年轻法官缺乏向上的动力。所以在处理案件中，我们的法官之间鲜有理论上的争论，法官业务素质的提高完全凭借法官自身的努力，而缺乏环境的激励。另一方面本来就很少的优秀审判力量被闲置，主要表现为：一些具有较高理论水平和丰富实践经验的审判人员担任院、庭长后，基本上不参与具体案件的审理工作，长期脱离审判实践，专注于案件的研究把关和行政事务，而学而优则仕的传统致使一些法学理论功底扎实的高学历人员也常乐于滞留在非业务庭，既不利于自身发展和人才的培养，也造成审判资源的重大浪费。

七、法官考核制度不科学，培训任务沉重，交流和轮岗制度实施不力。
目前法院的考核仍以对国家机关公务员的考核办法进行，这种强调效率优先的行政考核办法根本没有体现出法院工作的特点，在考核中对法官的工作量、业务水平的考核，片面以每年办了多少件案件、有多少件被发回重审、改判、再审等为标准，这显然是不科学的，至少是不严谨的，况且有些“量化指标”尚欠科学。17近来基于社会的巨大压力和司法活动的经济性考虑，有些法院又考核起一步到庭率、当庭下判率、结案调解率，以致于与追求司法公正的最终目标的实现，南辕北辙。