由于认识到经公证的法律行为、法律事实和文书在证据认定方面所具有的优越性，越来越多的当事人开始在专利行政和诉讼程序中将各种各样的证据赋予公证的形式。这在一定程度上将减轻专利行政机关和司法机关在查证事实方面的工作压力。
　　但是对于这类证据，具有居中裁断职能的行政机关和司法机关应当保持一种客观的态度：既要注重引导当事人合理地使用经公证的证据，并在可能的情况下充分依靠公证制度保护自己的合法权益，又要防止公证制度被滥用而导致对一方当事人严重不公的现象出现。
　　一、经公证的证据在专利行政和诉讼程序中的认定原则。
　　专利无效审查程序以请求原则为基础，启动审查程序的一方当事人形同诉讼程序中的原告，受到“谁主张、谁举证”原则的约束。这就要求行政机关和司法机关对经公正的证据的真实性、合法性和与案件的关联性作出客观的评价。
　　（一）公证文书只能对证据的内容进行客观描述，不能对证据的真实性、合法性和关联性问题作出法律上的判断。根据我国现行法律规定，公证机关的职权范围仅限于在公证文书中对有关行为、事实或文书存在的客观情况进行如实描述，不能进行法律上的判断，否则就超越了法律为公证机关划定的职权范围。
　　（二）对经公证的证据的采信仍要遵循举证责任合理分担的原则。启动无效审查程序的一方当事人具有与原告相同的举证责任，即使他提供的证据被赋予了公证的形式，仍然要受到“谁主张、谁举证”责任的约束，经公证的证据同样要达到使审查员或法官确信当事人的诉讼主张成立的情况下，才能被作为定案的依据。
　　虽然在一些案件中有的法官强调了“相反证据”的观点，即由于没有出现与公证文书中所包含的内容相矛盾的相反证据，所以公证文书的内容就应当直接予以采信。笔者认为这种观点值得商榷，因为它与举证责任转换的法律条件是矛盾的。在负有举证责任的一方当事人所提供的证据没有达到应有的证明程度的条件下，不能将举证责任转换给另一方当事人承担。不负举证责任的当事人，即使不举证、不能举证或举证不充分，也不必然承担败诉的法律后果。这是诉讼法中规定举证责任的立法本义之所在。
　　二、行政机关和司法机关对经公证的证据的使用方式
　　（一）行政机关和司法机关不能在行政裁决或行政判决中直接撤销公证文书。我国关于公证制度的法律法规中已经明确规定，对公证书效力的质疑和推翻应当由相应的司法行政机关进行解决，在专利行政程序中，无论是行政机关还是司法机关都不能直接推翻公证书。
　　（二）法院宜采用“该公证书在本案中可以证明的是……不能证明的是”的使用方式。笔者认为，对于公证文书中所涉及的事实问题仍应当坚持公证文书仅能对客观情况进行忠实描述而不能进行法律上的判断的原则。以“公证书可以证明……但不能证明……”的形式来使用这种存在瑕疵的公证书，既体现了在法律允许的范围内司法权对行政权的尊重，也在一定程度上对司法权和行政权各自的权利范围给予了明确的区分，不失为一种行政和司法实践中的恰当做法。