如果双方在诉讼中对电子邮件有争议，不论是由电子邮件直接引发的纠纷还是以证据的形式出现的电子邮件，只要其涉及当事人的切身利益及关键问题的确定，即会引发争执，主要表现以下几种情况。
1.对收发件人的认定
在诉讼中，如果当事人对电子邮件的收发人发生争议，在此种情况下，审查电子邮件的内容已无意义，因当事人如否认是电子邮件的收发人，实际上已经否认了电子邮件的内容。其最为典型的案例是发生在某大学的一名学生以另一学生的名义，发出了一封回绝那名学生受到留学邀请的电子邮件，致使那名学生失去了留学的机会。该案在审理中，被告人否认自己发出了这样一封电子邮件，而法庭主要是采用排除法来确认是否为被告人所为。很明显，在这里被告人否认自己是电子邮件的发件人比否认所发电子邮件的内容更为对自己有利。该案虽然最终以庭外调解结案，但如果双方未能和解，以排除法的结论来作为确认被告人侵权的证据是否充分，则值得商榷。以笔者的看法，在确认电子邮件的收发件人时，首先需查清的是电子邮件的地址是否是收发件人的，其是否拥有合法的用户名、账号、密码等，因每一个注册用户均对应一个电子邮件信箱，合法用户的上述资料及个人资料(真实姓名、工作单位、通信地址、身份号码等)在“ISP”(Internet service provider 即网络服务提供商) 处均有备案，如使用人的个人资料于ISP的备案一致，则可以确认该信箱是使用人的，在该用户的信箱密码未被他人盗用的情况下，以该信箱收发的电子邮件的作者 即为信箱的拥有者。笔者曾遇一案，当事人否认自己给对方发出过财产情况的电子邮件，后经核对该电子邮件地址的ISP备案，与该当事人的情况一致，法庭据此确认该电子邮件的内容，并做出判决，结案后该当事人服判。
当前，由于某种原因，有些信箱成为公用信箱，使用该类信箱的非注册用户，则无权要求获得法律上的保护。对开放自己的电子邮件信箱者，无异于等于放弃自己的权利。当然，电脑“黑客”的侵袭或恶意的发送匿名电子邮件则另当别论。
2、电子合同收到与合同成立地点认定
"收到"这一概念，在电子商务贸易过程中，具有相当重要的法律意义。国际货物销售公约和大陆法规定，不论是发盘还是接受，均以抵达接收人或发盘人作为生效的条件之一。而英美法则规定，信件或电报一经发出，立即生效，生效的时间以投递邮件收据上邮局所盖邮戳为准，而不管对方是否收到。在电子商务环境中，为避免贸易纠纷，确定了"收到生效"的原则，也就是说，不论什么传递，只有在被对方适当地收到了，才具有法律意义。这就要求传递的单据必须能够进入对方在合同中指定的接收电脑。同时，在电子商务环境中，对收到的定义也作了严格的规定，即当传递进入到接收方的接收电脑时，即为收到，不管接受方有没有检查传递的内容。反之，在能进入指定的接受方的接收电脑之前，没有一份单据被认为是适当地接收了，也没有一份单据会产生法律上的义务。这与以纸张为基础的贸易环境中的情况是相一致的。
我国新《合同法》规定："采用数据电文形式订立合同，收件人指定特定系统接收数据电文的，该数据电文进入该特定系统的时间，视为到达时间；未指定特定系统的，该数据电文进入收件人的任何系统的首次时间，视为到达时间（第十六条）"。该法同时规定，"采用数据电文形式订立合同的，收件人的主营业地为合同成立的地点；没有主营业地的，其经常居住地为合同成立的地点（第三十四条）。
3.对电子邮件内容的认定
电子邮件的内容，亦是在诉讼中不易认定的部分。在确定了收发件人后，就要对电子邮件的内容进行审查，之所以这样，是因为手书的信件，有“原件”与“复印件”之分，不易做假。因而电子邮件中，似乎已无“原件”与“复印件”之分，因电子邮件的内容是必须借助于计算机为载体才能呈现，离开了这一载体，即为电脑打印件。故以审查书证的传统审查方法进行审查，在此已不可行。因对这类证据的审查主要是审查其是否为原件，是否有本人签字，是否盖有公章。对境外的函件还需有公证、认证。