我国对罪刑法定原则价值蕴涵的忽视还有其他表现。虽然罪刑法定原则在我国已确立了很长一段时间了，但是仍有不少人对1979年刑法中的类推制度有着很深的“眷恋”之情，并且在实践中仍存在着类推的影子。例如，2001年10月18日，上海市金山区人肖永灵将两封装有虚假炭疽杆菌的邮件分别投寄到上海市有关部门及新闻单位。2001年12月，上海市第二中级人民法院根据《刑法》第一百一十四条以危险方法危害公共安全罪判处被告人肖永灵有期徒刑四年。本人认为这一判决就是一个很明显的类推适用。以危险方法危害公共安全罪，是指故意使用放火、决水、爆炸、投毒以外的危险方法危害公共安全的行为，这些其他危险方法是与放火、决水、爆炸、投毒的危险性质相当的，一经实施，就会同时造成不特定多人死伤或者使公私财产遭受重大损失的危险方法。虽然刑法没有对这些行为作详细的列举（事实上这也是不可能的），但是这种犯罪行为的本质特征应当是很清楚的。而上述案件中的被告人将装有虚假炭疽杆菌的邮件投寄到两个单位虽然是一起带有恐怖色彩的案件，但是将这一行为规划为其他危险方法却是牵强的，因为这一行为在客观上很难像放火、爆炸等行为一样能造成不特定、多人死伤或者使公私财产遭受重大损失。而法院作出的判决其实就是在法律缺位的情况下，适用类推的结果。2001年12月29日全国人大常委会通过的《刑法修正案（三）》在妨害社会管理秩序罪中增设了“投放虚假危险物质罪；编造、故意传播虚假恐怖信息罪”，这是对上述法律缺位的一个积极补充但同时也表明立法机关并不认为投放虚假危险物质的行为是一种危害公共安全的行为。虽然一些西方国家的刑法允许有类推的适用，但除个别国家以外，他们所实行的类推与中国曾经有过的类推制度和现在实际中存在的类推做法是有本质上的不同的。前者是在有利于被告的情况下允许类推，这种类推仅仅在形式上背离了罪刑法定的原则，但实则体现了罪刑法定所要求的限制国家司法权力、保护公民个人权利的法治精神。在社会本位主义的支配下，我国一直是以社会危害性这种实质标准来确定犯罪的，而废止类推、实行罪刑法定，刑法难以避免的漏洞就可能导致某些法无明文规定的危害社会的行为得不到应有的惩罚，但这与类推制度下不受限制的刑罚权给公民的权利和社会民主正义观造成的损害相比，显然是利大于弊。因此在提倡法治的今天，当实质合理性和形式合理性发生冲突时，我们应该时刻告诫自己要将形式合理性放在优先地位，即对于刑法没有规定为犯罪的行为，不得以犯罪论处。
对被告人权益的漠视也是对罪刑法定原则追求的价值目标的背离。坚持有利于被告人的解释原则无疑是罪刑法定原则应有的价值体现，但在1997年新刑法通过后，仍存在着不利于被告人的司法解释。例如，对累犯的前后罪适用法律的规定仍然是不利于被告人的：前罪判处的刑罚已经执行完毕或者赦免，在1997年9月30日以前又犯应当判处有期徒刑以上刑罚之罪的，是否构成累犯，适用刑法第六十一条的规定；1997年10月1日以后又犯应当判处有期徒刑以上刑罚之罪的，是否构成累犯，适用刑法第六十五条的规定。众所周知，根据1979年刑法的规定，累犯前后罪的时间限度为3年；而根据1997年刑法典的规定，这一时间限度增加为5年。这一司法解释明显是违背罪刑法定保障人权的价值内涵的。
三、对刑事司法中司法机关的自由裁量权的模糊认识
罪刑法定主义的核心命题是以法律支配司法权力，法律在这里作为一种社会控制手段，乃是人类社会进程中的一种必然的选择。欧洲诸国对法官阶层在资产阶级革命中的反动作用深恶痛绝，基于其独特的司法传统，始终以怀疑的眼光打量法官，所以这些国家选择了绝对的罪刑法定主义。绝对的法定主义要求法官严格按照法律来判案，不允许法官对法律进行解释。如贝卡利亚就指出：严格遵守刑法文字所遇到的麻烦，不能与解释法律所造成的混乱相提并论。这种暂时的麻烦促使立法者对引起疑惑的词句作必要的修改，力求准确，并且阻止人们进行致命的自由解释，而这正是擅断和徇私的源泉。一部法典业已厘定，就应逐字遵守，法官的唯一使命就是判定公民的行为是否符合成文法律。⑥但是，这种绝对的罪刑法定主义虽然排斥了法官的自由裁量，但同时也完全排除了对个别公平和正义的保障。因为即使是罪名相同的犯罪也会在社会危害性与人身危险性上存在着很大的差异，绝对罪刑法定主义导致对危害不同的犯罪也处以相同的刑罚，显然是不符合民主要求的。⑦因此人们将罪刑法定主义发展为相对的罪刑法定主义，从完全限制司法裁量到允许有限制的司法裁量，这也是解决罪刑法定主义追求绝对的形式上的公平、正义与司法追求个别正义和公正之间的冲突的一种折衷。