（三）撤回起诉决定与复议复核的关系
刑事诉讼法规定，对于公安机关移送起诉的案件，人民检察院决定不起诉的，公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议，或者可以向上一级人民检察院提请复核。但对于撤回起诉的案件，撤回起诉决定书是否送达公安机关，法律和司法解释均没有作出规定。有学者从撤回起诉与不起诉的实体性条件和程序性条件比较分析，认为二者的条件和效力是相同的，具有相同的终止诉讼的效力。因此，对于公安机关移送起诉的案件，检察机关应当将撤回起诉决定书送达公安机关，公安机关认为撤回起诉的决定有错误，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。[18]从互相制约的诉讼原则出发，笔者同意这种观点。但在司法实践中就有可能出现以下几种情况：复议意见没有被同级人民检察院接受，但上一级人民检察院却接受了公安机关的复核意见，按照检察一体和组织法的有关规定，上级检察院有权撤销下级检察院撤回起诉决定，一旦撤销，作出撤回起诉决定的检察院必须执行，但与此同时，与作出撤回起诉决定的检察院的同级人民法院又作出准许撤回起诉的裁定；或者上级人民检察院不采纳公安机关的复核意见，同意撤回起诉，而同级的人民法院又作出不准许撤回起诉的裁定。前者，检察院执行上级决定重新提起公诉，人民法院按照最高法院的司法解释，没有新的事实、证据，人民法院不予受理；后者执行上级决定，可人民法院又不准许撤回。此时，诉与撤，均无法可循；撤与诉，又均有司法解释的精神，使作出撤回起诉决定的人民检察院处于两难境地。
（四）撤回起诉决定与申诉的关系
刑事案件的被害人不服不起诉决定的，可以在法定期限内向上一级人民检察院申诉，也可以直接向人民法院起诉。这是修改后的刑事诉讼法的一大特点，加强了被害人的诉讼地位和诉讼权利，充分保障被害人的申诉权和起诉权，同时也是人民群众对检察工作的一种监督。由于撤回起诉与不起诉在实质要件上相同，都是不追究被告人的刑事责任。因此，也应该赋予撤回起诉案件中被害人的申诉权和起诉权，切实维护被害人的利益。同时，也是对作为法律监督机关的人民检察院严格执法的一种制约。对于有被害人申诉的撤回起诉案件，也会出现与上述公安机关提请复核程序中一些情形，在此不再重复。对被害人不服撤回起诉决定直接向人民法院起诉的案件却又出现一些复杂、无效的诉讼程序。人民法院对于检察院撤回起诉的理由审查后，裁定准许撤回起诉，这是一种被认为通说的公诉程序，说明人民法院也认同人民检察院发现不存在犯罪事实、犯罪事实并非被告人所为，或者不应当追究被告人刑事责任的诉讼请求是正确的。而被害人向人民法院起诉的自诉案件，根据刑事诉讼法第170条、《解释》第186条和2000年7月25日最高人民法院《关于如何正确理解刑事诉讼法第170条第（3）项规定的案件范围的答复》精神，又符合受理的条件，因此只得受理，检察机关也应将案件证据材料移送人民法院。从程序上看因为这些案件原本应由检察机关提起公诉，但是由于种种原因，公安机关或检察机关却作出了不予追究的书面决定。在修改刑事诉讼法时，将这类公诉案件特别规定为人民法院可以直接受理的自诉案件，就是为保护群众告状无门，防止放纵犯罪，保证案件及时得到处理，更好地保护公民的合法权益。[19]于是，准许检察机关撤回起诉的裁定是人民法院作出的，认为不应当追究被告人的刑事责任；但同案被害人的起诉又受理了，认为应当追究被告人的刑事责任，究竟采取什么程序审理成为一道难题。要么自诉案件程序走过场，要么裁定撤诉是错误的，判处被告人有罪。但无论那种方式，都一定会得出不能自圆其说的法律后果。
四、结语：立法的抉择
当代中国着力倡扬“法治”的精神和价值，已将“依法治国”提升为治国的基本方略。作为一项系统工程，“依法治国”方略的实现必须依赖于立法、司法、守法等诸多环节的完善。在立法环节上，一定要做到“有法可依”，即立法机关必须制定出全面调控社会关系所需的相对完备的法律体系。笔者认为，根据我国刑事诉讼的现实状况，如果认为公诉案件的撤回起诉实有必要，就应在修改刑事诉讼中作出明确规定，并授权司法机关制定便于操作的诉讼规程，以解决司法实践中无法排除的诉讼死结。如果认为公诉案件的撤回起诉在现行刑事诉讼中已无存在的价值和必要，就应按照“有法必依”的法治原则，以立法解释的形式制止于法无据且实难操作的司法解释，减少诉讼环节和节省司法资源，消除司法与立法冲突且得不到制止的不良现象，使司法机关在健康的司法环境中实现“依法治国”的伟大方略。